让论文投稿出版的过程不再神秘丨Cell Stem Cell编辑详述同行评议背后的故事
对于所有的科研人员来说，实验验证、数据整理、论文撰写和期刊投稿这些流程已然是家常便饭。然而，当我们仔细阅读了那些似懂非懂的投稿须知，勾选了一堆不知所云的责任条款，怀着激动的心情战战兢兢地点击了提交之后，我们的论文会经历什么？知否知否，应是同行评议（peer review）。
同行评议，是目前期刊杂志对投稿论文进行筛选的一个过程，期刊编辑通过邀请论文相关领域的若干专家（同行专家/审稿人，reviewer）对论文进行评价，基于这些评价，编辑决定投稿论文是否值得发表。在投稿过程中，同行评议是必不可少的，通常也是最为折磨人的。然而，对于大多数研究人员而言，同行评议过程仍然是个谜。那么，同行评议到底是如何进行的？2019年6月6日， Cell Press细胞出版社旗下期刊Cell Stem Cell的高级科学编辑Jonathan P. Saxe撰文Opening the Black Box of Peer Review，来跟大家聊一聊同行评议的那些事儿 （长按识别下图中的二维码阅读原文）。
共同同行评议是如何发生的？
阅读论文的时候我们经常会在同期杂志中发现同领域或方向的几篇相关或类似的论文，我们会暗自嘀咕，怎么会这么巧？这是如何实现的呢？那我们就要从头开始讲起。当论文提交到Cell Stem Cell后，所有编辑都会收到论文的相关信息。接下来，在常规例会中，编辑们会进行简单的讨论，主编Sheila Chari会将所有论文分配给不同的编辑进行深度阅读、分析和决定是否送审。尽管不同领域和杂志都有不同的送审标准，但是一般来说，编辑们最关注的在于，论文的分析和结果是否能够挑战现有的解释和认知，从而拓展该领域的视野或形成崭新的理论思想与研究方法（比如conceptual advance，即带来观念上的进步）。之后，编辑会将自己的初审意见提交给主编和整个编辑团队进行交流，团队中的其他成员随即可以提出自己的建议。基于这种流程，编辑们可以对同一时期内收到的独立稿件进行整合分类，经过送审、修回、接收等一系列流程之后，将相似或相关领域、并在相近时间内接收的论文发表在同一期中，有时甚至可以作为一期专刊（special issue）同时发表。除此之外，另一种可能发生的情况就是，类似领域的课题组共同进行投稿（co-submit）。
以2018年发表在Cell Stem Cell的来自Jim Wells 课题组【1】和 Jianwen Que课题组【2】的两篇论文为例，两个课题组都在研究如何将人类多能干细胞（pluripotent stem cells）培养生成食道类器官（esophageal organoids）。
The Jianwen Que and Jim Wells groups model esophagus tissue development (left) using human PSC-derived organoids (right).
在相互得知对方的研究工作之后，他们决定共同向Cell Stem Cell提交论文。他们首先进行了投稿前询问（pre-submission enquiry），研究人员通过这种方法可以从编辑处获得非正式的反馈信息，如果编辑认为论文不适合发表，则可以将论文及时投送到其它期刊，且投稿前询问可在多家杂志社进行，从而节省时间。Saxe博士认为当时尚未有食道类器官的培养方法和体系被报道过，因而这两篇论文具有很强的创新性；更重要的是，两个课题组通过使用不同的方法展现了食道发育过程中显著的生物学变化。两篇论文各自的研究成果本身就很有趣，尤其是当把二者放在一起时，能够更好的产生联系和比较，从而更加全面地阐述如何使用新的方法来模拟组织特异性上皮的发生发展。对于这种共同提交的论文，Cell Stem Cell一般会尽量选择相同的同行专家进行评审。期刊邀请到了三位审稿人对两篇论文同时评审。在评审的同时，两篇论文的作者也同意将两篇论文在Cell Stem Cell的提前发表系统Sneak Peek（https://www.cell.com/sneakpeek）中公开，随时跟踪投稿状态并供所有科研工作者提前阅读。
如何根据同行评议结果进行决策？
有趣的是，对于这两篇论文，三位审稿人返回的意见大相径庭。第二位审稿人认为两篇论文的结果都很令人信服；第一位审稿人认为Jianwen Que课题组的文章可稍作修改即可发表，Jim Wells课题组的论文则是直接拒绝；然而，第三位审稿人则提出了完全相反的意见，即修回Jim Wells课题组论文而拒绝Jianwen Que课题组的论文。
Jim Wells’ team.
Jianwen Que’s group.
那么，针对这种情况，编辑们是如何进行决策的呢？相比关注于特别正面或者负面的建议，编辑往往会根据每个审稿人的专业背景，更加认真地考量审稿人所给意见的科学价值。除了评估和整合所有审稿人的意见以外，编辑要预估审稿人提出的补充实验的难度、完成它们所需要的时间，以及完善后的论文能否进一步提高人们对这个领域的认识，更好地促进该领域的发展。
一般来说，当审稿人的意见相对积极，完善论文的工作量在一定时间内也可完成，编辑们往往会给予论文大修（major revisions）的决定。而当一篇论文需要补充大量实验进行验证，或是即使补充实验也无法改变读者目前对该领域的认知，编辑们往往会拒绝接收论文（reject）。但是，编辑们有时也会给予 “开放式拒绝”（open-door rejection）的决定，他们会具体阐述拒绝接收的理由，并附带审稿人的意见，推荐作者将文章提交到他们认为更加合适的Cell Stem Cell姐妹期刊；或者，作者可以针对编辑和审稿人的意见，进行实验补充，重新进行投稿。针对Jianwen Que课题组和Jim Wells课题组的情况，编辑则决定给予他们开放式拒绝的决定，他们可以尝试Cell Reports，也可以根据编辑和审稿人的意见，进一步补充实验并对论文进行修改。对于这个决定，两个课题组都保持了积极的态度，决定对文章进行修改并重新向Cell Stem Cell投稿。两个课题组首先逐点回复了审稿意见，并阐述了他们的实验和投稿计划，之后得到编辑的认可。在编辑看来，这样详细的沟通与确认对于杂志社和投稿人都非常重要，不但可以避免出现研究人员在补充了大量实验，浪费了大量的时间和金钱后仍无法获得在Cell Stem Cell发表机会的情况；而且能够更好的完善论文，缩短杂志出版周期，达到双赢。
论文修回后决策过程是如何进行的？
对于这种拒绝接收并修回的稿件，编辑们会针对修回后完整的论文，从以下几个方面重新进行评估：
这些修改是否有效地回应了审稿人提出的质疑；
如果审稿人认为论文中一开始没能展现清晰的理论突破或是令人兴奋的机制发现，那么修改后的稿件是否体现了这些；
审稿人有没有意愿再次对修回的稿件进行重新审稿，还是审稿人已经建议改投其他杂志。有时候，并不是所有补充的实验都是成功的，或是是我们想要看到的，但是这并不影响重新审稿。
比如这个案例中，审稿人要求投稿人补充类器官移植实验以了解类器官的重塑潜能，相应地，研究人员未能得到阳性结果，但是根据目前研究领域技术和知识的发展状况，这个结果也是比较合理且可以接受的。接下来，编辑会优先询问第一轮审稿人是否愿意再次审稿。由于第二位审稿人已经提出了无需再次审稿，因此，编辑只联系了第一位和第三位审稿人。对Jim Wells提出反对意见的第一位审稿人再次审稿后，同意接收两篇论文；但是第三位审稿人仍旧对一部分问题的解答保持质疑，那么这时候编辑们怎么办呢？一般来说，编辑们只会允许一轮大修，如果仍然有问题没有合理的答复，则不再进行考虑，直接拒绝。这样看起来很严格，但是却能够避免因反复修改和审稿而造成投稿人身心俱疲及杂志出版周期的增加。这里，二位审稿人都持积极态度，于是，编辑给予投稿人重新分析数据和补充一小部分实验的小修（minor revisions）决定。虽然，这并不意味着CSC最终会接收这两篇文章，但是，编辑会给予积极的态度。修回之后，编辑有可能会再次邀请审稿人进行第三轮审稿，对于这个案例，编辑随即接收论文。到这里为止，理论上论文已经被接收，但是还是要符合后期一系列的如出版（production）、方法（STAR methods 【3】→科研小白利器：Star Methods详解）、图像处理规范等。
本文中所举的案例是非常成功的，两篇文章的共同接收一定程度上也得益于投稿人选择共同进行投稿。通过共同投稿，两个课题组可以共享有限且非常宝贵的样本，并在投稿过程中相互讨论，促进交流与合作。作为编辑，在审稿的过程中，会最大限度地平衡信息透明化和信息保密。Cell Stem Cell整个团队希望通过讲述这个故事，强调作者之间、作者与编辑之间进行详细交流的重要性。编辑们很乐意就具有科学依据的申诉和修回计划进行讨论，他们无法保证作者能够同意他们的建议和决定，但是他们会倾听作者的心声。他们希望这样可以检测出版前各个环节的合理性，同时他们也愿意在各环节中开诚布公，让出版的过程不再神秘。
相关论文信息
原文刊载于Cell Press细胞出版社旗下期刊Cell Stem Cell上，点击“阅读原文”或扫描下方二维码查看论文
论文标题：
Opening the Black Box of Peer Review
论文网址：
https://www.cell.com/cell-stem-cell/fulltext/S1934-5909(19)30221-8
DOI:
https://doi.org/10.1016/j.stem.2019.05.017
参考文献
1. Zhang et al, 3D Modeling of Esophageal Development using Human PSC-Derived Basal Progenitors Reveals a Critical Role for Notch Signaling, Cell Stem Cell, September 20, 2018.
2. Trisno et al, Esophageal Organoids from Human Pluripotent Stem Cells Delineate Sox2 Functions during Esophageal Specification, Cell Stem Cell, September 20, 2018.
3. Emilie Marcus, the whole Cell team, A STAR Is Born, Cell, August 25, 2016.
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